O CEBAPE tem como objetivo geral o desenvolvimento de pesquisa científica básica e aplicada, a formação e capacitação de recursos humanos, treinamento de pessoal e prestação de serviços à comunidade, na área de pacientes com necessidades especiais (PNEs), devendo atuar no apoio às atividades de ensino, pesquisa, extensão e integração acadêmica.O CEBAPE tem por objetivos específicos:a) Estudar os fatores biológicos, fisiopatológicos, farmacológicos, bioquímicos e genéticos, relacionados com as anormalidades dos pacientes com necessidades especiais nas áreas básica e clinica;b) Desenvolver linhas de pesquisas básicas e clínicas na área de PNEs, o qual estará associado a outras áreas de saúde afins, como: Odontologia, Fonoaudiologia, Fisioterapia, Terapia Ocupacional, Enfermagem, Medicina Humana, Assistência Social dentre outras;c) Formar e treinar alunos de graduação e pós-graduação, pesquisadores e estagiários nas áreas de PNEs, desenvolvendo pesquisas voltadas para o esclarecime