A linha de pesquisa, Educação Escolar: Identidade e Alteridade, tem um vasto campo de pesquisa, a ser desenvolvida, em todo o Estado de Mato Grosso do Sul. Tais afirmações estão fundamentadas no fato de que temos a segunda maior população indígena do Brasil. Destacamos, ainda, que a UEMS, inicia o processo de discussão e funcionamento do Ensino Superior Indígena para poder atender as necessidades básicas do ensino fundamental e médio nas aldeias indígenas do MS. Para tanto esta linha tem como proposta a execução de um CENSO ESCOLAR - referente a situação escolar. O objeto principal é o de levantar questões e desenvolver o processo de pesquisa partindo das realidades indicadas pela situação escolar. As conversas norteadoras vinculadas ao ensino na escola, a educação ambiental, a educação na saúde, as histórias de antigamente, o mítico e o rezadores, que determinam a educação específica, diferenciada, a alteridade e a identidade.