O grupo de ecologia aquática do IBt/SMA desenvolve pesquisa sobre: (1) levantamento da biodiversidade de algas continentais; (2) ecologia de comunidades de algas (fitoplâncton, perifíton e sedimentos); (3) limnologia e paleolimnologia de reservatórios. Os estudos suprem importantes lacunas de informação sobre ecossistemas aquáticos de região tropical dada a escassez de pesquisas de longa duração e experimentais que permitam avançar na identificação de padrões e generalizações. O grupo tem forte atuação em recursos humanos e na nucleação de centros de pesquisa no país e no exterior. Tem expressiva publicação de livros, artigos científicos em revistas nacionais e estrangeiras arbitradas. As atividades do grupo subsidiam órgãos públicos e privados sobre medidas de recuperação e conservação e assessoram agências de fomento, revistas científicas e comissões examinadoras. Os estudos sobre eutrofização buscam caracterizar valores de referência e elaborar prognósticos para auxiliar gestores.
