O grupo vem desenvolvendo pesquisas sobre microbioma de ambientes aquáticos naturais e de cultivo de organismos, terrestres e atmosfera; poluição marinha e avaliação de fontes e a análise de eficiência dos indicadores bacteriológicos de contaminação por esgoto.É pioneiro no monitoramento da dispersão de bactérias resistentes a antibióticos em ambientes de cultivo de organismos aquáticos e prospecção de substâncias com atividade antimicrobiana. Outras pesquisas tentam entender a dinâmica de grupos bacterianos deteriorantes ou potencialmente patogênicos pescado. São realizados também estudos da diversidade funcional microbiana com fins biotecnológicos tanto em ambientes aquáticos como terrestres.
