O programa de pesquisa tem como escopo, a partir da situação atual da piscicultura, definir linhas de pesquisa prioritárias que possam contribuir para o desenvolvimento e a consolidação da atividade no Estado. É importante que se tenha como foco a resolução dos problemas que possam ocorrer ao longo de todo o processo produtivo, desde a produção de alevinos e de rações, passando pelo cultivo propriamente dito, até o processamento e a comercialização do pescado.Implementação de ações para o setor de produção com enfoque em: diversificação da produção; arranjos produtivos; práticas de organização associativista; pesquisa; crédito; defesa sanitária; certificação com rastreabilidade; assistência técnica e extensão aquícola, infraestrutura e parceria com instituições governamentais ou privadas que atuam neste segmento. Realização de pesquisas, no sentido de alcançar, cada vez mais, elevados coeficientes técnicos, visando reduzir os custos de produção e o impacto ambiental.