O grupo de microbiologia conta com pesquisadores da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), do Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto (UNESP) e da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP e da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da UNESP de Araraquara.Este grupo tem como objetivo o estudo multidisciplinar da microbiologia, com ênfase nos aspectos médicos, alimentares e industriais da microbiologia e fitoterápicos de ação antifúngica. O grupo conta com pesquisadores da área de virologia médica e básica, micologia e microbiologia médica, microbiologia alimentar e industrial, sendo composto por diversos laboratórios de pesquisa situados nas instituições acima descritas.O grupo tem alunos de IC, mestrado e doutorado envolvidos em diversos projetos na grande área de microbiologia. Todo este grupo fez parte da criação do Programa de Pós-Graduação em Microbiologia - IBILCE-UNESP>