A principal linha de pesquisa do grupo atualmente está relacionada com a análise da biodiversidade bacteriana e prospecção de genes de interesse biotecnológico. Esses estudos estão sendo realizados através de tecnicas de última geração com sequenciadores em alta escala , bem como análise de expressão por HiScan Illumina. Diferentes habitats estão sendo analisados em projetos individuais e em rede (Biobrasil, Sisbiota) visando o conhecimento, a conservação e o uso sustentável da nossa grande biodiversidade bacteriana.Um outro aspecto que está sendo avaliado diz respeito à prospecção, isolamento e caracterização de genes envolvidos na produção de biomoléculas que podem auxiliar os processos de Biorremediação, controle biológico de pragas, assim como o estudo de consórcios bacterianos envolvidos na desconstrução da biomassa.No passado o grupo participou ativamente dos projetos genomas da rede ONSA que se iniciaram com o sequenciamento da bactéria fitopatogênica Xylella fastidiosa
