Um dos fatores de maior limitação à cultura do cacau é a perda por ataque de patógenos. Nas últimas décadas a vassoura-de-bruxa do cacaueiro causou a redução da produção de cacau na Bahia a menos de um terço da produção média nos anos 80. As atividades de melhoramento genético do cacaueiro visando resistência a essa e a outras doenças possibilitaram a retomada do crescimento da área plantada e improdutiva de cacaueiro na Bahia. Clones e variedades seminais testados através do programa de melhoramento genético do cacaueiro foram distribuídos emergencialmente aos produtores da região para enxertia de copa nos cacueiros com vassoura e replantio das áreas que apresentavam falhas, devido a perdas de plantas. Atualmente, genótipos resultantes de cruzamentos entre progenitores selecionados e testados em ensaios multi-locais, e, seleções em áreas de produtores, dentre os híbridos que eram plantados por recomendação da Ceplac, estão sendo recomendados para o plantio e renovação das áreas.
