Criado no ano de 2002 o grupo de pesquisa de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos do LNCC se caracteriza por ser um grupo multidisciplinar envolvendo as áreas da biologia, da física, da química, da matemática aplicada e da computação de alto desempenho. Dentre os principais objetivos relacionado à pesquisa está o desenvolvimento e aplicação de métodos, técnicas e algoritmos computacionais nas áreas de desenho racional de fármacos e predição de estruturas de proteínas. O grupo possui colaborações estreitas com vários grupos e pesquisadores teóricos e experimentais da área da Biofísica Estrutura e Química Medicinal e participa ativamente do INCT-INOFAR. Importantes atividades de caráter nacional organizadas pelo grupo foram as edições de I a VIII da EMMSB - Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. Desenvolveu os seguinte os programas e portais: Dockthor (www.dockthor.lncc.br), MHOLline (www.mholline.lncc.br), GAPF e PROFRAGER (https://www.lncc.br/sinapad/Profrager/).
