A FVS-AM tem por missão buscar a melhoria da qualidade de vida da população do Estado do Amazonas, por meio da promoção e proteção à saúde, mediante ações integradas das vigilâncias epidemiológica, sanitária, ambiental e laboratorial, bem como o controle de doenças e agravos, incluindo educação, capacitação, pesquisa e ações interinstitucionais. Foram identificadas as áreas de Pesquisa e Desenvolvimento Científico, entendido como aquela que tem como foco a obtenção de conhecimento para o adequado controle de doenças e agravos prevalentes no estado do Amazonas. Foram definidas subáreas e respectivas linhas de pesquisa: Epidemiologia e Análise da Situação de Saúde; Vigilância Ambiental em Saúde e Controle de Doenças Endêmica; Promoção e Educação Popular em Saúde; Diagnósticos de Doenças Infecto-parasitárias; Prevenção e Controle de Infecções relacionadas à Assistência á Saúde; Surtos, doenças emergentes e reemergentes.