O grupo de pesquisa em Biotecnologia Microbiana tem como missão atuar nas áreas industriais, ambientais e da saúde no que tange a microbiologia. O grupo atua no isolamento, caracterização, seleção, crescimento e identificação de micro-organismos; além de otimizar a produção de produtos de origem microbiana. O grupo também se propõe a desenvolver e a validar métodos/procedimentos para análises microbiológicas, apoiando o desenvolvimento do setor produtivo e o bem-estar da sociedade. Atualmente estamos atuando na área de biocombustíveis visando proporcionar à indústria soluções às carências existentes e inovar a partir do desenvolvimento e aproveitamento de novas matérias-primas (biodiesel microbiano e bioetanol de segunda geração). Estamos atuando também na área de saúde em projetos sobre a qualidade microbiológica das águas, através do desenvolvimento e validação de novas metodologias, desenvolvimento de padrões de referência e na ampliação do conhecimento científico sobre o tema.