A Proteção de Plantas é um grupo de pesquisa interdisciplinar e interinstitucional que tem como principal objetivo o desenvolvimento de tecnologias e produtos visando o controle de doenças e pragas das plantas, produzindo alimentos de alta qualidade, mediante o uso racional dos recursos naturais e da redução do uso de insumos, assegurando uma produção sustentável. Os grandes desafios do grupo são a mudança de mentalidade dos produtores rurais, com a quebra de paradigmas, disponibilizando opções técnicas viáveis e econômicas, bem como a educação e treinamento dos técnicos e produtores e a redução do uso de agroquímicos.Alguns exemplos dos resultados já obtidos com o grupo de pesquisa, são a avaliação e seleção de novos genótipos de plantas com importância econômica, resistentes a doenças, destacando-se o abacaxi, banana e mamão. Na fruticultura os resultados do grupo tiveram repercussão na viabilidade da exportação do mamão para a Europa e Estados Unidos, com o desenvolvimento local.