O grupo de pesquisa em Agroecologia e Produção Orgânica tem caráter multidisciplinar e visa agregar pesquisadores que desenvolvem pesquisas aplicadas a agroecologia e produção orgânica. A maioria dos seus integrantes também fazem parte do Núcleo de Agroecologia e Produção Orgânica (NAPO), recentemente constituído na Fepagro.