O grupo de Ecologia Química da Embrapa Soja foi criado em 2004 para avaliar o papel das substâncias químicas constitutivas e/ou induzidas na defesa da soja a estresses bióticos (percevejos sugadores de sementes e lagartas, fungos como a ferrugem asiática da soja e nematoides) e abióticos (déficit hídrico, temperatura e CO2). Essa ferramenta inovadora tem sido utilizada na avaliação de resistência de plantas em resposta a esses estresses em programas de melhoramento tradicional, ou que utilizem a biotecnologia. Pesquisadores da Embrapa vêm concentrando esforços para identificar os compostos da defesa da soja e avaliar a possibilidade de utilizá-los como indicadores de resistência. Os avanços, incluindo-se a identificação de genes de defesa, poderão fornecer subsídio para aumentar a eficiência e a agilidade no processo de obtenção de cultivares resistentes a pragas, substituindo-se vários anos de pesquisa, no campo, por análises químicas e bioquímicas.
