A identificação e o estudo de fatores ambientais, como a qualidade da água, do ar e do solo, impactados por poluentes (efluentes, agrotóxicos, poluentes emergentes entre outross) justificam a preocupação com pesquisas nessa área bem como suas inter-relações. Este grupo de pesquisa vem estudando o comportamento de poluentes no ambiente de modo a produzir informações que contribuam para o estabelecimento de medidas que minimizem a poluição ambiental, em particular dos recursos hídricos. Considerando que os poluentes podem causar efeitos adversos na microbiota, pretende-se também estabelecer padrão para a utilização de espécies indicadoras de qualidade ambiental direcionada para a saúde humana e ambiental. Outros trabalhos que vêm sendo desenvolvidos pelo grupo envolvem recuperação de áreas degradadas, com participação ativa e conjunta de produtores agrícolas.