O grupo tem como missão desenvolver pesquisas básica e aplicada na área de Microbiologia de Alimentos, abrangendo segurança microbiológica, identificação e caracterização de microrganismos de interesse para agroindústria, bem como seu potencial de aplicação na melhoria de processos e produtos. Nesse sentido, tem o apoio de instituições nacionais e internacionais de fomento à pesquisa e atua em parceria com outros centros de pesquisa e Universidades (UFC, UECE, UFV, UNICAMP). Contribui também com a capacitação de estudantes de nível médio e superior, fortalecendo o intercâmbio entre a Embrapa e Instituições de Ensino. Os conhecimentos gerados têm sido divulgados em eventos técnico-científicos, documentos técnicos da Embrapa e revistas científicas indexadas.