A linha de pesquisa de Bioprocessos e Tecnologia Ambiental tem como objetivo desenvolver processos no âmbito das atividades biotecnológicas e industriais que integram a Biotecnologia à Engenharia Química. Esta linha inclui projetos de pesquisa visando o emprego de novos produtos e processos que utilizam recursos naturais disponíveis no país, empregando tecnologias limpas, bem como o desenvolvimento de processos para solução de problemas ambientais. A linha contempla a melhoria da qualidade e produtividade de bioprodutos, através dos conhecimentos teórico-práticos dos processos fermentativos, da tecnologia enzimática, das técnicas de separação, extração e purificação de biomoléculas, assim como o domínio das técnicas de instrumentação analítica e de medidas utilizadas em Biotecnologia. Objetiva, entre outros pontos, formar especialistas que possam conceber e solucionar problemas em processos inseridos na indústria e serviços numa perspectiva integrada em biotecnologia e meio ambiente.