O MUSA tem buscado integrar produção de conhecimento de alta qualidade, a formação em pesquisa e a cooperação técnico-científica com a sociedade civil organizada, particularmente aos movimentos de mulheres, de luta pelos direitos sexuais e reprodutivos e pela equidade de gênero em saúde. Também tem mantido uma estreita articulação com instituições públicas de saúde e de educação, além de participar de instâncias de monitoramento e controle social das políticas públicas, tais como a Comissão Nacional de Mortalidade Materna, a Comissão Intersetorial de Saúde da Mulher do Conselho Nacional de Saúde, o Conselho Estadual de Defesa dos Direitos da Mulher, a Comissão Nacional Mulher e AIDS do Ministério da Saúde, o GT Gênero e Saúde da Associação Brasileira de Pós-Graduação em Saúde Coletiva (ABRASCO) e o Conselho Nacional de Direitos da Mulher.
