O Grupo de Pesquisa em Microbiomas tem a missão de coordenar e re-orientar as pesquisas sobre microbiomas no Brasil. Este grupo foi idealizado sob ótica colaborativa, sendo organizado em 6 comissões específicas por área de interesse e 2 comissões estratégicas. As comissões específicas caracterizam-se pela natureza investigativa e são responsáveis por pesquisas de microbiomas em às plantas, animais, solos, ambientes aquáticos, humanos e bioprospecção. Os temas abordados incluem questões socioeconômicas atuais, como efeitos da poluição e alteração do uso do solo, manejos e melhoramento animal, impactos na saúde humana, entre outros. As comissões estratégicas são responsáveis pela formação de recursos humanos e ações de transferência de conhecimento e tecnologia para a sociedade e/ou empresas, sendo divididas em: Bioinformática e Ensino e Extensão. Os pesquisadores do grupo têm experiência em diferentes áreas do conhecimento, garantindo a integração compreensiva das informações geradas.