O grupo de pesquisa em qualidade dos alimentos desenvolve pesquisas em segmentos relacionadas aos produtos de destaque do estado de Mato Grosso carente de informações científicas e tecnológicas. Um dos temas, microbiologia, visa desenvolver e utilizar técnicas e métodos que permitam o conhecimento e fisiologia dos microrganismos patogênicos associados aos alimentos. Sendo assim, pesquisas estão sendo realizadas no intuito de impedir /inibir a contaminação microbiana e redução de perdas econômicas. Pesquisas estão direcionadas ao pescado, como peixes nativos do Mato Grosso e jacaré. Um tema em foco do grupo é o estudo de espécies de ocorrência do Cerrado para fins alimentares, assim como a aplicação de óleos essenciais e extratos de plantas. Outro seguimento é o levantamento dos fungos associados em grãos potencialmente toxigênico, que podem causar risco aos animais e seres humanos.
